Lloyd parvient finalement à la Salle de la Graine suprême. Quelqu'un a déjà combattu les Anges qui montaient la garde. Une épée est plantée dans la porte pour la maintenir ouverte et permettre à Lloyd de pénétrer dans la salle. Lloyd trouve Colette allongée devant la Graine suprême. Elle est sur le point d'être fusionnée avec Martel. Mithos est décontenancé par la présence de Lloyd, la porte extérieure étant bloquée. Il l'attaque mais son premier sort est dévié par la magie de Génis. Lloyd est rassuré de voir que son ami est toujours vivant! Alors que le groupe se réjouit de le retrouver, Mithos fait appel à Pronyma, la dernière des cinq Grands cardinaux, pour s'occuper d'eux. Elle ne se montre pas à la hauteur face au groupe réuni et ils parviennent facilement à la battre. Mais ils ont trop tardé et la fusion entre Martel et Colette est déjà effectuée. Ravi de la résurrection de sa sœur, Mithos ignore les appels à l'aide de Pronyma et il la tue.
Lloyd est impuissant et il ne peut que contempler ce triste spectacle. Au grand désespoir de Mithos, Martel la ressuscitée rejette toutes ses actions en lui disant que le monde qu'ils voulaient devait prôner l'égalité. Mithos est désespéré. Il attendait ce moment depuis 4000 ans et Martel devait le soutenir à son réveil. Mithos croyait qu'il se sentirait de nouveau en sécurité, comme lorsqu'il était en compagnie de Lloyd et de ses amis. Ses espoirs étant déçus, Mithos utilise sa magie comme un enfant frustré. Alors que Lloyd est sur le point d'être touché par la magie de Mithos, Kratos apparaît pour le protéger. Kratos se tourne ensuite vers Colette, qui est devenue Martel, pour lui appliquer un serti-clé et donc la sauver. La main de Kratos contient de l'aionis, une substance qui permet à un Humain de brandir l'Epée éternelle sans qu'il n'ait pour autant de sang d'Elfe. Kratos est venu pour s'en emparer et sauver la vie du groupe. Il est également celui qui a ouvert le passage vers la salle de la Graine suprême.
Kratos demande à Lloyd de le laisser combattre à leurs côtés pour qu'il puisse régler ses comptes avec Mithos, son ancien disciple et ami. Lloyd accepte avec joie. Dès que le serti-clé entre en contact avec Colette, Martel commence à retourner dans la Graine suprême. En disparaissant, elle regrette que les Elfes aient quitté Derris-Kharlan. En l'entendant, Mithos met fin à sa destruction. Il murmure qu'ils auraient effectivement dû abandonner ce monde dépravé et retourner ensemble à Derris-Kharlan. Il essaye ensuite de s'emparer de la Graine suprême mais Colette se relève pour l'en empêcher. Quand Martel s'est emparée du corps de Colette, nombre de ses souvenirs ont été transférés vers Colette. Martel souhaite que Mithos mette fin à ses projets. Le groupe combat Mithos et parvient à le vaincre. Génis ramasse le cristal du Cruxis de Mithos et le conserve comme un souvenir de son premier ami demi-elfe.
Une fois le combat terminé, Lloyd se tourne vers Kratos. L'épéiste lui annonce que Lloyd doit briser le sceau d'Origin pour réunifier les mondes. Pour y parvenir, et pour que Kratos expie son passé, ils doivent s'affronter. Il l'attendra au sceau d'Origin, situé au centre d'Heimdall. Après avoir quitté la Tour du salut, le groupe est très préoccupé. Lloyd et ses compagnons hésitent à combattre Kratos. Ils décident de se rendre à Heimdall pour trouver le sceau d'Origin.
