« Si le mal existe en ce monde, il se cache dans le cœur des hommes »
— Edward D. Morrison
Tales of Phantasia s'ouvre sur une bataille épique entre une compagnie de quatre personnes opposée à un sorcier maléfique, Dhaos, dont l'issue changea le destin du monde. Battant Dhaos, ils entreprennent de l'enfermer dans une prison scellée par magie. Pour empêcher que le sceau soit brisé, les quatre combattants se partagent deux pendentifs qui ne sont autres que les clés de la prison. Ils décident de ne jamais révéler ce secret et se séparèrent afin d'être sûrs de ne pas se recroiser.
Une dizaine d'années plus tard. Vers l'an 4302 du calendrier asérien. Toltus, village natal de Cless Alvein et de Chester Barklight.
Le jour de son 17e anniversaire, Cless part à la chasse avec son meilleur ami, Chester. Traquant une bête, les deux jeunes hommes décident de se séparer. S'approchant d'un grand arbre mort, Cless reçoit alors une vision d'un esprit lui disant « Ne blessez pas l'Arbre, je vous en prie ! » puis qui disparaît, lui laissant une vision fugace du grand arbre mort dans un état sain.
Alors qu'il est rejoint par Chester, l'alarme de la ville retentit subitement. À leur arrivée au village, une tragédie les attend : tout est en ruine et des cadavres jonchent les rues.
Tous les villageois sont morts dans l'attaque de chevaliers menés par Mars Uldole, incluant les parents de Cless et la petite sœur de Chester, Amy Barklight. Les deux jeunes hommes apprennent que le but de l'attaque était un pendentif que Cless reçut de son père, Miguel. Sa mère mourante, Maria Alvein, lui dit de s'enfuir chez son oncle habitant Euclid. Cless décide de partir immédiatement, alors que Chester reste pour offrir une sépulture décente aux habitants du village.
Arrivé à Euclide, Cless est malheureusement trahi par son oncle, qui le dénonce à Mars, chef des soldats d'Euclid. Ce dernier, possédé sans le savoir par Dhaos, dérobe le pendentif confié à Cless et le jette au cachot.
Aidé par une mystérieuse femme, apparemment morte des suites de terribles tortures, Cless parvient à s'échapper et fait la connaissance d'une jeune fille détenue dans le même bâtiment, Mint Adnade, une magicienne spécialisée dans la guérison. Il comprend que la femme vue plus tôt était sa mère, mais lui cache la vérité.Les deux jeunes gens s'enfuient de la ville et retrouvent plus tard Chester chez une des quatre personnes du départ, Trinicus Morrison. Ce dernier leur apprend l'histoire qui le lie à leurs parents, ainsi que leur quête visant à enfermer Dhaos. Horrifié d'apprendre la perte des deux pendentifs, Trinicus se précipite vers un mausolée des environs, suivi subrepticement par Cless et sa compagnie, conscients qu'ils y trouveront probablement Mars. Malheureusement, Mars parvient à libérer Dhaos à l'aide des pendentifs avant que Trinicus et les autres ne puissent l'en empêcher. Sans espoir de pouvoir défaire le tout-puissant Dhaos dans leur forme actuelle, Trinicus tente d'expédier Cless, Mint et Chester un siècle auparavant dans le but d'en savoir plus sur Dhaos et s'aguerrir pour le défaire. Dhaos attaque la compagnie d'un sort magique, mais Chester le bloque en se sacrifiant, permettant aux deux autres de voyager dans le temps, en l'an 4202 du calendrier asérien.
Dans le passé, Dhaos cause toujours le chaos, préparant une guerre imminente contre les deux plus grandes contrées humaines, Alvanista et Mid Galds. Ce sera le début d'une histoire qui va changer le monde, le passé, le présent et le futur.
