Sur les haut-plateaux situés au sud des monts Fooji, Lloyd et ses compagnons trouvent le Temple des ténèbres où réside Shadow, l'Esprit originel des ténèbres. Toutefois, les souterrains du temple sont assombris par la présence de Shadow et le groupe ne peut progresser. Sheena propose de demander de l'aide au Laboratoire de recherche élémentale. Le groupe se dirige donc vers Meltokio. Grâce à la bougie bleue, Lloyd et ses compagnons avancent dans le temple, dans l'espoir de conclure un pacte avec Shadow. Le groupe rencontre Shadow au plus profond du temple et, après lui avoir démontré sa puissance, conclut un pacte avec l'Esprit originel.
